Poniżej jest artykuł, zainspirowany pytaniem od Wiciu666 z wykopu, który zadaje pytania:
"Mnie najbardziej ciekawi, czy z tych danych da się potwierdzić lub zaprzeczyć:
1. naturalne pochodzenie wirusa
2. naturalne pochodzenie wirusa, ale z przeskokiem z innego gatunku
3. sztuczne pochodzenie wirusa
3a - pochodzenie z usa
3b - chinskiej produkcji
3b1 celowe uwolnienie
3b2 uwolnienie przez przypadek, niechlujstwo, wypadek
generalnie za pkt.3 przemawiają:
- znalezione sekwencje pochodzące (lub przypominające) z wirusa grypy/HIV/SARS
- czas wybuchu epidemii w okolicach chinskiego nowego roku"
Spróbujmy, odpowiedzieć na te pytania, korzystając z wiedzy naukowej opartej na sekwencji genomu i modelowaniu molekularnym (molnet.eu). Tak więc zaczynam. Przy okazji pokażę jak dojść do wiedzy, aby w przyszłości każdy mógł sam przeanalizować dowolny przypadek. 12 lutego wirus ten nazwano SARS-CoV-2, chorobę przez niego powodującą COVID-19.
W Bioinformatyce sekwencje genomu czy białek są bardzo ważne, ponieważ można na podstawię nich szukać i tworzyć kolejne cząsteczki lub znajdować informację. Bioinformatyka obecnie jest na wielu uczelniach, sam nie jestem specjalistą (raczej jestem pasjonatem od ab initio - modelowania molekularnego cząsteczek, więcej znajdziesz na molnet.eu), ale to są podstawy, więc wytłumaczę:
Zaczynamy od poszukiwania informacji o wirusie, na stronie
National Center for Biotechnology Information. NCBI przechowuje genetyczne sekwencje nukleotydowe (w bazie GenBank) oraz bazy artykułów biomedycznych (PubMed i PubMed Central), a także inne informacje dotyczące biotechnologii. Wszystkie te bazy danych są dostępne w sieci przez wyszukiwarkę www.ncbi.nlm.nih.gov
Udało się znaleźć, punkt zaczepienia nasz genom wirusa ma: GenBank: MN908947.3
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947
Mamy naszą sekwencje,!!
Patrzymy teraz czy sekwencja naszego wirusa jest podobna do któregoś ze znanych wirusów (grypa, HIV, SARS)
aby to zobaczyć, klikamy po prawej stronie: Analyze this sequence, Run BLAST
wybieramy, standardowy algorytm i klikamy na przycisk BLAST. (Blast to takie narzędzie, dzięku któremu możemy w przeglądarce przeszukać baze pod różnymi kontami my szukamy podobieństwo, trwa to kilka minut) mamy wyniki 100 znaleziono:
możemy to zaprezentować jako drzewo filogeniczne z którego będziemy widzieli powiązania:
możemy zobaczyć to na wykresie sekwencje w których gołym okiem widać podobieństwa:
ale, pochylmy się nad wynikami
Wirusym które 99% są podobne to w nazwie mają Wuhan... i sa tą samą rodziną. Prawdopodobnie mutacja samoczynna. Ciekawe są informacje, że wirusy były wysyłane przez, cztery grupy:
- Submitted (...-JAN-2020) State Key Laboratory of Virology, Wuhan University, Bayi Road, Wuchang District, Wuhan, Hubei 430072, P.R. China
- Submitted (..-JAN-2020) 1 Haiyuan 1st Road, Futian District, The University of Hong Kong- Shenzhen Hospital, Shenzhen, Guangdong, China
- Submitted (..-JAN-2020) Division of Viral Diseases, Centers for Disease Control and Prevention, 1600 Clifton Rd, Atlanta, GA 30333, USA (Najwięcej)
- Submitted (...-JAN-2020) Shanghai Public Health Clinical Center & School of Public Health, Fudan University, Shanghai, China
reszta świata wydaje się, ze nie istnieje w badaniach albo nie publikuje wyników, ale nie ma materiału do badań.
Mamy grupę tego samego wirusa, zobaczmy kolejne, które są najbliższe.
Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45, complete genome
28811 37654 99% 0.0 87.99% MG772933.1
Select seq KY417146.1 Bat SARS-like coronavirus isolate Rs4231, complete genome
24548 26524 99% 0.0 80.70% KY417146.1
Select seq MG772934.1 Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZXC21, complete genome
23953 37543 98% 0.0 87.23% MG772934.1 (bold :
Czyli to, co mówią, że rodzina wirusów BAT SARS (Bat od batman ;), człowiek NIETOPERZ)
WIkipedi na temat bat SARS możemy przeczytać: Koronawirus WIV1 przypominający SARS nietoperza (Bat SL-CoV-WIV1), czasem nazywany również koronawirusem WOR1 podobnym do SARS, jest nowo zidentyfikowanym CoV izolowanym od chińskich nietoperzy podkowiastych. Odkrycie potwierdza, że nietoperze są naturalnym rezerwuarem wirusa SARS. Analiza filogenetyczna pokazuje możliwość bezpośredniego przenoszenia SARS z nietoperzy na ludzi. Jest to betakoronawirus RNA o pojedynczej nici, otoczony positive-sense RNA.
Najciekawsze jest to, że cytują prace z 2013 roku (Xing-Yi Ge; Jia-Lu Li; Xing-Lou Yang; et al. (2013). "Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor". Nature. 503 (7477): 535–8. doi:10.1038/nature12711), w której wspomina się, że powinno badać się patogeny wirusowe u zwierząt aby zapobiec pandemii. Przypuszczenia takie byly w pracach powiływanych w tej pracy i które były już w 2003 roku.
Publikacja w Nature była przez naukowców:
- Submitted (05-JAN-2018) Institute of Military Medicine Nanjing Command, Nanjing, Institute of Military Medicine Nanjing Command, Nanjing, NO. 293 East Zhongshan Road, Nanjing, JangSu 210002, China
- Submitted (30-DEC-2016) CAS Key Laboratory of Special Pathogens and Biosafety and Center for Emerging Infectious Diseases, Wuhan Institute of Virology, Chinese Academy of Sciences, No. 44 Xiao Hong Shan, Wuhan, Hubei 430071, China
Widać, że dobre laboratoria oraz bezpieczne, w tym z miasta Wuhan, od którego się to zaczęło, dlatego dziennikarze oskarżają laboratorium z Wuhan, że coś mieli do czynienia. Ja uważam, że nie ma podstaw. W publikacji w Nature oraz w (Science 2005, Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses) można odnaleźć informacje, że te koronowirusy pochodziły od dzikich zwierząt złapanych w chinach. Jeżeli naukowcy złapali i zbadali, to wciąż pozostawały zwierzęta zakażone na wolności. W którymś momencie musiało dojść do przeniesienia. To tak samo, jeżeli w Polsce jakieś laboratorium badało by Borelioze, a potem któraś odmiana była by śmiertelna - czy było to dowód, że to oni rozprzestrzenili - NIE, bardziej prawdopodobny jest, że z natury przywędrowało.
Idźmy dalej w poszukiwaniu podobnych wirusów, reszta to rodzina SARS...
Coronavirus BtRs-BetaCoV/YN2018C, complete genome
17514 26500 96% 0.0 81.45% MK211377.1
Select seq KY417148.1 Bat SARS-like coronavirus isolate Rs4247, complete genome
17510 26591 97% 0.0 81.44% KY417148.1
Select seq MK211375.1 Coronavirus BtRs-BetaCoV/YN2018A, complete genome
17486 26493 96% 0.0 81.43% MK211375.1
Select seq KY417142.1 Bat SARS-like coronavirus isolate As6526, complete genome
17484 26475 97% 0.0 81.42% KY417142.1
Select seq MK211378.1 Coronavirus BtRs-BetaCoV/YN2018D, complete genome
17485 26634 96% 0.0 81.41% MK211378.1
Select seq KY417145.1 Bat SARS-like coronavirus isolate Rf4092, complete genome
17484 26324 95% 0.0 81.40% KY417145.1
Select seq JX993988.1 Bat coronavirus Cp/Yunnan2011, complete genome
17439 25864 96% 0.0 81.37% JX993988.1
Select seq KJ473814.1 BtRs-BetaCoV/HuB2013, complete genome
17420 26374 97% 0.0 81.26% KJ473814.1
Select seq JX993987.1 Bat coronavirus Rp/Shaanxi2011, complete genome
17293 25963 95% 0.0 81.12% JX993987.1
Select seq KJ473813.1 BtRf-BetaCoV/SX2013, complete genome
17246 25575 94% 0.0 81.07% KJ473813.1
Select seq KJ473816.1 BtRs-BetaCoV/YN2013, complete genome
17582 25739 94% 0.0 81.07% KJ473816.1
Select seq KF294457.1 SARS-related bat coronavirus isolate Longquan-140 orf1ab polyprotein, spike glycoprotein, envelope protein, membrane protein, and nucleocapsid protein genes, complete cds
17219 27627 97% 0.0 81.06% KF294457.1
Select seq KJ473812.1 BtRf-BetaCoV/HeB2013, complete genome
17213 25495 94% 0.0 81.03% KJ473812.1
Select seq KY770860.1 Bat coronavirus isolate Jiyuan-84, complete genome
17189 25675 94% 0.0 81.00% KY770860.1
Select seq MK211374.1 Coronavirus BtRl-BetaCoV/SC2018, complete genome
17161 26012 97% 0.0 80.98% MK211374.1
Select seq GQ153542.1 Bat SARS coronavirus HKU3-7, complete genome
17152 26206 97% 0.0 80.96% GQ153542.1
Select seq GQ153543.1 Bat SARS coronavirus HKU3-8, complete genome
17147 26139 97% 0.0 80.95% GQ153543.1
Select seq DQ648856.1 Bat coronavirus (BtCoV/273/2005), complete genome
17126 25684 95% 0.0 80.93% DQ648856.1
Select seq DQ412042.1 Bat SARS coronavirus Rf1, complete genome
17126 25694 95% 0.0 80.93% DQ412042.1
Select seq KF294456.1 SARS-related bat coronavirus isolate Jiyuan-331 orf1ab polyprotein gene, complete cds
17086 18940 71% 0.0 80.90% KF294456.1
Select seq GQ153547.1 Bat SARS coronavirus HKU3-12, complete genome
17075 26131 97% 0.0 80.86% GQ153547.1
Select seq GQ153546.1 Bat SARS coronavirus HKU3-11, complete genome
17035 26091 97% 0.0 80.84% GQ153546.1
Select seq GQ153548.1 Bat SARS coronavirus HKU3-13, complete genome
17031 26047 97% 0.0 80.83% GQ153548.1
Select seq GQ153545.1 Bat SARS coronavirus HKU3-10, complete genome
17026 26082 97% 0.0 80.83% GQ153545.1
Select seq GQ153544.1 Bat SARS coronavirus HKU3-9, complete genome
17022 26078 97% 0.0 80.82% GQ153544.1
Select seq FJ211859.1 Recombinant coronavirus clone Bat SARS-CoV, complete sequence
17042 26171 97% 0.0 80.81% FJ211859.1
Select seq DQ084199.1 bat SARS coronavirus HKU3-2, complete genome
17037 26108 97% 0.0 80.81% DQ084199.1
Select seq GQ153540.1 Bat SARS coronavirus HKU3-5, complete genome
17033 26093 97% 0.0 80.80% GQ153540.1
Select seq GQ153539.1 Bat SARS coronavirus HKU3-4, complete genome
17033 26099 97% 0.0 80.80% GQ153539.1
Select seq GQ153541.1 Bat SARS coronavirus HKU3-6, complete genome
17023 26101 97% 0.0 80.80% GQ153541.1
Select seq DQ022305.2 Bat SARS coronavirus HKU3-1, complete genome
17028 26159 97% 0.0 80.79% DQ022305.2
Select seq DQ084200.1 bat SARS coronavirus HKU3-3, complete genome
17028 26143 97% 0.0 80.79% DQ084200.1
Select seq KY417146.1 Bat SARS-like coronavirus isolate Rs4231, complete genome
24548 26524 99% 0.0 80.70% KY417146.1
Select seq MK211376.1 Coronavirus BtRs-BetaCoV/YN2018B, complete genome
21788 26598 99% 0.0 80.31% MK211376.1
Select seq AY395003.1 SARS coronavirus ZS-C, complete genome
22341 26553 98% 0.0 80.30% AY395003.1
Select seq AY394996.1 SARS coronavirus ZS-B, complete genome
22341 26585 98% 0.0 80.30% AY394996.1
Select seq GU190215.1 Bat coronavirus BM48-31/BGR/2008, complete genome
15947 22279 90% 0.0 80.30% GU190215.1
Select seq AY390556.1 SARS coronavirus GZ02, complete genome
22323 26531 98% 0.0 80.29% AY390556.1
Select seq AY394999.1 SARS coronavirus LC2, complete genome
22244 26478 98% 0.0 80.28% AY394999.1
Select seq AY278554.2 SARS coronavirus CUHK-W1, complete genome
22318 26562 98% 0.0 80.28% AY278554.2
Select seq AY304488.1 SARS coronavirus SZ16, complete genome
22325 26512 98% 0.0 80.28% AY304488.1
Select seq AY394983.1 SARS coronavirus HSZ2-A, complete genome
22314 26524 98% 0.0 80.28% AY394983.1
Select seq AY394985.1 SARS coronavirus HSZ-Bb, complete genome
22317 26258 97% 0.0 80.28% AY394985.1
Select seq AY864806.1 SARS coronavirus BJ202, complete genome
22309 26567 98% 0.0 80.28% AY864806.1
Select seq AY394992.1 SARS coronavirus HZS2-C, complete genome
22309 26549 98% 0.0 80.28% AY394992.1
Select seq EU371559.1 SARS coronavirus ZJ02, complete genome
22305 26526 98% 0.0 80.28% EU371559.1
Select seq AY283796.1 SARS coronavirus Sin2679, complete genome
22305 26505 98% 0.0 80.28% AY283796.1
Select seq AY394978.1 SARS coronavirus GZ-B, complete genome
22271 26445 98% 0.0 80.27% AY394978.1
Select seq AY394994.1 SARS coronavirus HSZ-Bc, complete genome
22312 26556 98% 0.0 80.27% AY394994.1
Select seq AY394993.1 SARS coronavirus HGZ8L2, complete genome
22305 26549 98% 0.0 80.27% AY394993.1
Select seq AY394991.1 SARS coronavirus HZS2-Fc, complete genome
22305 26549 98% 0.0 80.27% AY394991.1
Select seq AY394989.1 SARS coronavirus HZS2-D, complete genome
22305 26549 98% 0.0 80.27% AY394989.1
Select seq AY394987.1 SARS coronavirus HZS2-Fb, complete genome
22305 26533 98% 0.0 80.27% AY394987.1
Select seq AY278741.1 SARS coronavirus Urbani, complete genome
22300 26515 98% 0.0 80.27% AY278741.1
Select seq AY559093.1 SARS coronavirus Sin845, complete genome
22300 26493 98% 0.0 80.27% AY559093.1
Select seq AY291451.1 SARS coronavirus TW1, complete genome
22300 26518 98% 0.0 80.27% AY291451.1
Select seq AY502923.1 SARS coronavirus TW10, complete genome
22300 26518 98% 0.0 80.27% AY502923.1
Select seq AY427439.1 SARS coronavirus AS, complete genome
22300 26500 98% 0.0 80.27% AY427439.1
Select seq AP006561.1 SARS coronavirus TWY genomic RNA, complete genome
22300 26515 98% 0.0 80.27% AP006561.1
Select seq KT444582.1 SARS-like coronavirus WIV16, complete genome
21776 26529 99% 0.0 80.27% KT444582.1
Select seq AY304486.1 SARS coronavirus SZ3, complete genome
22311 26512 98% 0.0 80.27% AY304486.1
Select seq AY394986.1 SARS coronavirus HSZ-Cb, complete genome
22308 26519 98% 0.0 80.27% AY394986.1
Select seq AY323977.2 SARS coronavirus HSR 1, complete genome
22298 26555 98% 0.0 80.27% AY323977.2
Select seq DQ898174.1 SARS coronavirus strain CV7, complete genome
22296 26553 98% 0.0 80.27% DQ898174.1
Select seq AY502928.1 SARS coronavirus TW5, complete genome
22296 26514 98% 0.0 80.27% AY502928.1
Select seq AY394998.1 SARS coronavirus LC1, complete genome
22296 26540 98% 0.0 80.27% AY394998.1
Select seq AY282752.2 SARS coronavirus CUHK-Su10, complete genome
22296 26540 98% 0.0 80.27% AY282752.2
Select seq JX163924.1 SARS coronavirus isolate Tor2/FP1-10851, complete genome
22293 26407 98% 0.0 80.27% JX163924.1
Select seq AY394995.1 SARS coronavirus HSZ-Cc, complete genome
22303 26547 98% 0.0 80.27% AY394995.1
Select seq JX163928.1 SARS coronavirus isolate Tor2/FP1-10895, complete genome
22295 26409 98% 0.0 80.26% JX163928.1
Select seq JX163926.1 SARS coronavirus isolate Tor2/FP1-10912, complete genome
22295 26409 98% 0.0 80.26% JX163926.1
Select seq AY502926.1 SARS coronavirus TW3, complete genome
22293 26508 98% 0.0 80.26% AY502926.1
Select seq JQ316196.1 SARS coronavirus HKU-39849 isolate UOB, complete genome
22291 26506 98% 0.0 80.26% JQ316196.1
Select seq AY274119.3 Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus isolate Tor2, complete genome
22291 26549 98% 0.0 80.26% AY274119.3
Select seq AY357075.1 SARS coronavirus PUMC02, complete genome
22291 26543 98% 0.0 80.26% AY357075.1
Select seq AY502927.1 SARS coronavirus TW4, complete genome
22290 26508 98% 0.0 80.26% AY502927.1
Select seq AY485278.1 SARS coronavirus Sino3-11, complete genome
22287 26528 98% 0.0 80.26% AY485278.1
Select seq JX163927.1 SARS coronavirus isolate Tor2/FP1-10851, complete genome
22290 26404 98% 0.0 80.26% JX163927.1
Select seq JX163923.1 SARS coronavirus isolate Tor2/FP1-10912, complete genome
22290 26404 98% 0.0 80.26% JX163923.1
Select seq FJ882963.1 SARS coronavirus P2, complete genome
22284 26435 98% 0.0 80.26% FJ882963.1
Select seq JX163925.1 SARS coronavirus isolate Tor2/FP1-10895, complete genome
22289 26403 98% 0.0 80.25% JX163925.1
Select seq EU371564.1 SARS coronavirus BJ182-12, complete genome
22244 26457 98% 0.0 80.25% EU371564.1
Select seq EU371563.1 SARS coronavirus BJ182-8, complete genome
22260 26477 98% 0.0 80.24% EU371563.1
Select seq EU371561.1 SARS coronavirus BJ182b, complete genome
22260 26477 98% 0.0 80.24% EU371561.1
Select seq EU371560.1 SARS coronavirus BJ182a, complete genome
22260 26477 98% 0.0 80.24% EU371560.1
Select seq EU371562.1 SARS coronavirus BJ182-4, complete genome
22251 26468 98% 0.0 80.23% EU371562.1
Select seq KY352407.1 Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus strain BtKY72, complete genome
15872 22431 93% 0.0 80.19% KY352407.1
To tyle udało się wyczytać z seqwencji. Czyli podsumowująć publikacje:
- Wirus jest naturalny,
- bardzo podobne wirusy były znane już od 2003/2013 i pochodziły od zwierząt -nietoperzy
- -naukowcy juz od 2003/2013 ostrzegali, że może się rozprzestrzenić na ludzi.
- Region pochodzenia wirusa to Chiny, dystrykt Wuhan - czyli tam gdzie wybuchła epidemia.
- Wirus nie przypomina HIV ani grypy, mimo że do tej ostatniej jest podobny objawowo.
- Wimy dlaczego wirus nazywa się SARS-CoV-2, ponieważ jest mu najbliżej do tego wirusa w grupie, nie do MERS tylko do SARS
Dzisiaj, jeszcze pojawi się analiza patentowa!!!, jest bardziej ciekawsza i mówi nam co "pieniądze" oraz własność intelektualna uczyniła z wirusem.... Dla mnie bomba.
Otwarte Innowacje są czasopismem, które prowadzone jest z pasji do nauki. Dlatego, jeżeli się podobało to proszę o wsparcie - w zamian oferuję raport, szkolenia, analizę danych. Unikając opłat związanych z portalami zbierającymi zrzutki, prosze o nabycie w sklepie wybranego produktu.
jak masz ochotę rozwijać analize zapraszamy ;)
Komentarze obsługiwane przez CComment